Christoph Janker wurde am 14. Februar 1985 im bayerischen Cham geboren. Das Fußballspielen lernte er bei DJK Vilzing und dem ASV Cham. Nach seinem Wechsel in die Jugendmannschaft des TSV 1860 München gelang ihm bei dem Zweitligisten der Sprung in die Regionalliga-Mannschaft. In der Saison 2005/2006 debütierte er in der zweiten Liga. Im Sommer 2006 wechselte er zur TSG 1899 Hoffenheim. Die Mannschaft spielte damals noch in der Regionalliga. Mit dem Verein schaffte Janker den Durchmarsch in die Bundesliga.

Mit der U20 spielte er 2005 bei der Weltmeisterschaft in den Niederlanden. Beim 0:1 in der Vorrunde gegen den späteren Turniersieger Argentinien war er Gegenspieler von Lionel Messi, Star des FC Barcelona. Deutschland verlor im Viertelfinale 1:2 nach Verlängerung gegen Brasilien.

Vor der aktuellen Saison wechselte Janker zu Hertha BSC. Er hat einen Zweijahresvertrag mit Option unterschrieben. Bislang kam der Verteidiger in der Bundesliga drei Mal zum Einsatz. Seine Mitspieler rufen ihn "Django".

Für Wirbel sorgte Janker im Februar. Mit seinem ehemaligen Hoffenheimer Mannschaftskollegen Andreas Ibertsberger war er nach dem Spiel bei Borussia Mönchengladbach zehn Minuten zu spät zu einer Dopingkontrolle erschienen. Der Grund: Er war bei einer Mannschaftssitzung gewesen. Der Fall sorgte für Diskussionen über Dopingkontrollen im Fußball. Das Sportgericht des Deutschen Fußball-Bundes (DFB) sprach Janker und Ibertsberger frei. Es liege kein Dopingvergehen vor, es habe sich um einen fahrlässig begangenen Verstoß des Vereins gehandelt. Hoffenheim musste 75.000 Euro Strafe zahlen.