Von 1989 bis 1991 war er im ersten rot-grünen Senat unter dem damaligen Regierenden Bürgermeister Walter Momper (SPD) Senator für Arbeit, Verkehr und Betriebe. "Horst Wagner war ein Gewerkschafter und Sozialdemokrat der alten Schule", würdigte der Regierende Bürgermeister Klaus Wowereit (SPD) den Politiker.

Wagner habe mit großem Engagement, Beharrlichkeit und Sachverstand in vielen politischen und gesellschaftlichen Ämtern und Funktionen für die Interessen der kleinen Leute und für die Ziele der sozialen Gerechtigkeit gekämpft, sagte Wowereit weiter. Bis zuletzt habe er sich für das Kulturleben seiner Stadt eingesetzt. "Horst Wagner gehört zu den großen Persönlichkeiten der alten Gewerkschaftsbewegung", würdigte Momper bereits 2001 das Leben des SPD-Politikers.

Wagner war im April 1931 im Berliner Arbeiterbezirk Wedding geboren und groß geworden. Während seiner Lehre zum Industriekaufmann trat er bereits mit 16 Jahren in die Dienste der IG Metall. Vier Jahre später wurde er SPD-Mitglied. Von 1980 bis 1989 leitete Wagner als erster Bevollmächtigter die Verwaltungsstelle der IG Metall Berlin West. Nach seiner Wahl ins Abgeordnetenhaus 1981 wurde Wagner wirtschaftspolitischer Sprecher der SPD-Fraktion und von 1983 bis 1989 auch stellvertretender Fraktionsvorsitzender. Daneben engagierte er sich kulturell in dem von ihm mitbegründeten Kunstverein "Haus am Lützowplatz".

Momper erinnert sich stets gern an die Zusammenarbeit mit Wagner im ersten rot-grünen Senat in Berlin. "Als Senator für Verkehr und Betriebe galt er erst als Widerpart der Grünen, zeigte sich dann aber als engagierter Realisierer des rot-grünen Verkehrsprogramms", so Momper. Wagner setzte Tempo 100 auf der Avus, Tempo 30 in Wohngebieten und Busspuren auf dem Kurfürstendamm um. Als deswegen ein Sturm der Entrüstung losbrach, sei Wagner keinen Millimeter zurückgewichen, so Momper. Nach dem Fall der Mauer widmete sich der Senator vor allem der Wiederverknüpfung des Verkehrsnetzes in der 28 Jahre lang geteilten Stadt.