Die Einteilung der Berliner Schullandschaft in Hauptschule und Realschule sowie Gesamtschule fällt weg. All diese Schultypen gehen in der neuen integrierten Sekundarschule auf. 22 Sekundarschulen entstehen aus Fusionen, also aus dem Zusammenschluss von zwei, in Einzelfällen auch drei Schulen.
Es braucht allerdings nicht zwingend einen Zusammenschluss: So wie etwa die Max-von-Laue-Schule können die Schulen auch allein als Sekundarschule starten. 17 Realschulen kommen ohne Fusionspartner aus. Sie werden zumeist an ihren alten Standorten zur Sekundarschule umgebaut. Dazu gehört unter anderem die Einrichtung einer Mensa für den Ganztagsbetrieb.
In den Klassen der Sekundarschule lernen 25 Schüler (Gymnasium: 29). Probezeit und Sitzenbleiben gibt es nicht. Die 7. und 8. Klassen haben 31 Wochenstunden (Gymnasium: 33), die 9. und 10. Klasse 32 Stunden (Gymnasium: 34).
Schüler der Sekundarschulen können sich bereits in der Berufswelt orientieren. Dafür steht das Konzept des dualen Lernens, das einen betont praxisbezogenen Unterricht vorsieht. Im Rahmen des dualen Lernens können Schüler bis zu drei Tage in der Woche in einem Betrieb arbeiten.
Die neue Schulart ermöglicht alle Abschlüsse. In der 10. Klasse wird je nach Leistung und bestandener Prüfung der Mittlere Schulabschluss (MSA) oder die Berufsbildungsreife erreicht. Leistungsstarke Schüler können an der Schule oder an Oberstufenzentren das Abitur nach 13 Jahren machen.